Gli eventi narrati in Call of Duty: Black Ops II avvengono sia nel 1984, sia nel 2025. Nel 1984 Alex Mason e il suo gruppo partecipano a operazioni speciali volte a combattere Raul Menendez ed evitare la sua ascesa al potere. Nel 2025 David Mason, nome in codice: Section, (figlio di Alex Mason) e il JSOC (squadra speciale guidata da David) partecipano a operazioni speciali volte a combattere Raul Menendez, questa volta nelle metropoli futuristiche.
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